Das Mikrobiom des Menschen hat in den letzten Jahren die Humanmedizin praktisch revolutioniert. Bakterien, Viren, Pilze und Parasiten als nützlicher Helfer sind in unserem Körper fast überall vorzufinden (Darm, Haut, Mund- und Bronchialschleimhäute, Lymphsystem, Blut). In dem Organismus Mensch existieren in der Masse mehr Bakterien, Viren und Pilze als menschliche Zellen.  Ganz genau betrachtet bestehen wir damit aus zwei Organismen (Mikroorganismus + Humanorganismus), die miteinander kooperieren und voneinander profitieren. In jedem Bereich des Körpers ist das Mikrobiom spezifisch wie ein Fingerbadruck unterschiedlich aufgebaut. Aktuell verstehen wir nur einen Bruchteil von dem was wirklich zwischen Mikrobiom und Mensch passiert. Kürzlich erst wurden selbst im Blut nützliche Bakterien gefunden, womit das Dogma, dass Blut steril ist, nicht mehr gültig ist.

Unser Darm beinhaltet neben den Schleimhautzellen und dem Mikrobiom zusätzlich ein großes Lymphgefäßnetzwerk, zahlreiche Lymphknoten und immunologische Zellen. Die aktuelle Entwicklung in der Diagnostik konzentriert sich zunächst auf das Darmmikrobiom, was bei Störungen häufig mit der Entstehung chronischer Erkrankungen in Verbindung gebracht wird. Die Interaktionen zwischen diesen Bereichen sind komplex und fließend. Die Analyse des Stuhls mit Kultivierung der Bakterien zeigt nur einen Bruchteil der tatsächlich vorhandenen Bakterien an, weil sich zum einen bestimmte Bakterienarten auf den gängigen Kulturmedien nicht nachweisen lassen und zum anderen sich bestimmte Bakterienarten gar nicht im Stuhl befinden, sondern in den Schleimhautzellen oder im Darmlymphsystem. Die Mikrobiomdiagnostik hat sich gut weiterentwickelt und ermöglicht die Untersuchung der Bakterienvielfalt über neue Nachweistechniken (Next Generation Sequencing), bei denen Genfragmente der Bakterien im Stuhl untersucht werden. 

Das Ziel der Mikrobiomanalyse ist es nachzuweisen, wie stark die Vielfalt (Diversität) des Mikrobioms im Organismus verschoben ist. Eine gezielte Umstellung der Ernährung und ein gezielter immunologischer sowie mikrobiologischer Aufbau werden therapeutisch genutzt, um die Diversität des Mikrobioms wiederherzustellen.